2026 장기보유특별공제 개정은 1세대 1주택자에게 상당히 중요한 변화입니다.
지금까지는 주택을 오래 보유하고 오래 거주하면 두 기간을 모두 반영해 양도소득세 장기보유특별공제를 받을 수 있었지만, 이번 세제개편안은 보유보다 실제 거주기간을 더 중요하게 보는 방향으로 제도를 바꾸고 있습니다.
‘보유’ 중심의 공제를 단계적으로 줄이고 ‘실제 거주’ 중심의 공제로 전환하는 것입니다.
특히 2029년부터는 1세대 1주택자의 경우 보유기간에 따른 공제가 없어지고, 거주기간을 중심으로 공제율을 계산하도록 개편될 예정입니다. 여기에 고가주택의 경우 공제금액 자체에 한도까지 생깁니다.
주의
이 글은 2026년 8월 3일 발표된 정부의 2026년 세제개편안을 기준으로 작성했습니다. 아직 국회에서 확정된 세법이 아니므로 실제 양도 시점에는 최종 개정 법률과 시행시기를 다시 확인해야 합니다.
현재 1세대 1주택 장기보유특별공제는 어떻게 적용될까?
현행 제도에서 일정 요건을 충족한 1세대 1주택자는 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다.
기본적으로 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주한 경우, 보유기간과 거주기간에 대해 각각 공제율을 적용합니다.
현재 공제율은 다음과 같습니다.
- 보유기간: 1년당 4%, 최대 40%
- 거주기간: 1년당 4%, 최대 40%
- 합계: 최대 80%
따라서 10년 이상 보유하고 10년 이상 거주했다면 최대 80%의 공제율을 적용받을 수 있는 구조입니다.
문제는 오래 보유했지만 실제 거주기간은 짧은 주택입니다.
정부는 이번 개정안에서 이런 주택에 대한 세제혜택을 줄이고 실제 장기간 거주한 주택에 혜택을 집중시키겠다는 방향을 제시했습니다.
2028년부터 공제 구조가 단계적으로 바뀝니다
이번 개정은 한 번에 시행되지 않습니다.
정부안은 2027년까지 현행 제도를 유지하고, 2028년 중간 단계를 거쳐 2029년부터 본격적으로 거주 중심 제도로 전환하도록 설계했습니다.
| 양도 시기 | 거주기간 공제 | 보유기간 공제 | 최대 공제율 |
|---|---|---|---|
| 2027년까지 | 연 4% | 연 4% | 80% |
| 2028년 | 연 6% | 연 2% | 80% |
| 2029년 이후 | 연 8% | 없음 | 80% |
표만 보면 최대 공제율은 계속 **80%**이므로 별 차이가 없는 것처럼 보일 수 있습니다.
그러나 실제로는 그렇지 않습니다.
핵심은 ‘80%’가 아니라 ‘어떻게 80%를 채우느냐’입니다.
지금은 10년 보유 + 10년 거주하면
보유 40% + 거주 40% = 80%
입니다.
2028년에는
보유 20% + 거주 60% = 80%
가 됩니다.
그리고 2029년부터는 보유기간 공제가 없어져,
10년 거주 × 8% = 80%
가 되는 구조입니다.
따라서 10년 이상 실제 거주한 1주택자라면 최대 공제율 측면에서는 큰 변화가 없을 수 있습니다.
반대로 20년, 30년 집을 가지고 있었더라도 실제 거주기간이 짧다면 이야기가 완전히 달라집니다.
10년 보유했지만 2년만 거주했다면?
정부 문답자료에 아주 좋은 사례가 있습니다.
양도가액 32억원, 취득가액 12억원인 1주택을 10년 보유하고 실제 거주는 2년만 한 경우입니다.
정부가 제시한 계산 결과는 다음과 같습니다.
| 구분 | 2027년 | 2028년 | 2029년 |
|---|---|---|---|
| 거주 공제 | 8% | 12% | 16% |
| 보유 공제 | 40% | 20% | – |
| 총 공제율 | 48% | 32% | 16% |
| 장기거주·보유 공제액 | 6억원 | 4억원 | 2억원 |
| 산출세액 | 2.36억원 | 3.20억원 | 4.05억원 |
정부 문답자료에 제시된 공식 사례입니다.
상당히 큰 차이입니다.
같은 집이고 보유기간과 거주기간도 같지만 양도시점에 따라 산출세액이
2.36억원 → 3.20억원 → 4.05억원
으로 증가합니다.
2027년과 2029년을 비교하면 약 1억 6,900만원 차이가 납니다.
이번 개정안에서 장기보유 주택 소유자가 가장 주의해서 봐야 할 부분입니다.
오래 거주한 사람은 최대 80% 공제가 유지됩니다
그렇다면 10년 이상 실제 거주한 사람은 어떨까요?
공제율만 보면 최대 **80%**가 유지됩니다.
2027년에는
거주 40% + 보유 40% = 80%
2028년에는
거주 60% + 보유 20% = 80%
2029년에는
거주 80% = 80%
입니다.
즉 이번 개정은 단순히 모든 1주택자의 장기보유특별공제를 축소하는 제도라고 보기는 어렵습니다.
장기 ‘보유’에 대한 혜택을 장기 ‘거주’에 대한 혜택으로 이동시키는 개편에 가깝습니다.
정부 역시 개정 취지를 거주 중심으로 세제혜택을 부여하고 주택 양도차익에 대한 공제수준을 합리화하는 것이라고 설명하고 있습니다.
그런데 고가주택은 10년 거주해도 달라집니다
여기서 중요한 두 번째 변화가 있습니다.
바로 공제금액 한도입니다.
현재는 공제율에 따라 계산한 장기보유특별공제액 자체에는 별도의 금액 한도가 없습니다.
개정안에서는 주택 장기거주 소득공제에 다음과 같은 한도를 신설합니다.
2028년: 20억원
2029년 이후: 10억원
인별 연간 한도와 양도 물건별 한도를 각각 적용하도록 하는 구조입니다. 공동소유 주택이나 주택을 나누어 양도하는 경우에는 지분비율 또는 분할양도 비율에 따라 한도를 안분합니다.
따라서 양도차익이 큰 고가주택은 10년 이상 거주해서 공제율 80%를 충족하더라도 실제 공제액이 제한될 수 있습니다.
75억원 주택을 10년 보유·거주했다면?
정부 문답자료에는 이 사례도 직접 계산되어 있습니다.
조건은 다음과 같습니다.
양도가액 75억원
취득가액 25억원
보유기간 10년
거주기간 10년
이 경우 공제율 자체는 2027년, 2028년, 2029년 모두 **80%**입니다.
그런데 결과는 크게 달라집니다.
| 구분 | 2027년 | 2028년 | 2029년 |
|---|---|---|---|
| 적용 공제율 | 80% | 80% | 80% |
| 장기거주·보유 공제액 | 33.6억원 | 20억원 | 10억원 |
| 산출세액 | 3.16억원 | 9.23억원 | 13.73억원 |
2028년부터 공제액 한도가 적용되기 때문입니다.
이 사례가 이번 개정의 또 다른 핵심을 잘 보여줍니다.
“나는 10년 이상 살았으니 80% 공제를 그대로 받는다”라고 생각하면 안 된다는 것입니다.
공제율은 80%여도 공제금액 자체가 한도에 걸릴 수 있기 때문입니다.
특히 양도차익이 큰 서울 고가주택 소유자에게는 공제율보다 공제액 한도가 훨씬 중요한 문제가 될 수 있습니다.
정부 자료에 따르면 2024년 신고된 양도가액 12억원 초과 고가주택의 장기보유특별공제액 약 5.1조원 가운데 약 4.6조원, 즉 약 90%가 서울 소재 주택에 해당합니다.
‘장기보유특별공제’라는 이름도 바뀝니다
이번 개정의 방향을 상징적으로 보여주는 변화가 하나 더 있습니다.
주택에 대해서는 기존 장기보유특별공제를 거주 중심의 장기거주소득공제로 개편합니다.
단순한 명칭 변경으로 볼 것은 아닙니다.
세제혜택의 기준을 “얼마나 오랫동안 가지고 있었느냐”에서 “얼마나 오랫동안 실제로 살았느냐”로 이동시키겠다는 정책 방향을 이름 자체에 반영한 것입니다.
1세대 1주택자는 무엇을 확인해야 할까?
이번 개정안이 그대로 시행된다는 전제에서 주택을 장기간 보유한 사람이라면 앞으로 양도시기를 검토할 때 단순히 취득가액과 예상 양도가액만 계산해서는 부족합니다.
특히 다음 세 가지를 함께 봐야 합니다.
첫째, 총 보유기간보다 실제 거주기간이 중요해집니다.
2029년 이후에는 장기간 보유했다는 사실만으로 1세대 1주택 장기거주 공제율을 높일 수 없습니다.
둘째, 양도시점이 중요합니다.
2027년까지는 현행 방식, 2028년은 중간 단계, 2029년부터는 거주 중심 방식으로 바뀌기 때문에 동일한 주택이라도 양도시기에 따라 세부담이 상당히 달라질 수 있습니다.
셋째, 고가주택은 공제율뿐 아니라 공제금액 한도를 반드시 확인해야 합니다.
10년 이상 거주해 최대 80% 공제율을 충족해도 2029년 이후에는 공제액 한도의 영향을 받을 수 있습니다.
오래 보유했지만 거주하지 못한 특별한 사정이 있다면?
이 부분도 놓치면 안 됩니다.
정부는 거주 중심으로 제도를 바꾸면서 부득이한 사유로 실제 거주하지 못한 일정 기간을 거주기간으로 인정하는 제도도 마련했습니다.
예를 들어 일정 요건을 충족하면 취학, 직장 변경·전근, 1년 이상 치료·요양이 필요한 질병, 학교폭력 피해로 인한 전학, 해외 취학·근무, 60세 이상 직계존속 동거봉양 등의 사유로 다른 지역으로 주거를 이전한 기간을 일정 범위에서 거주기간으로 인정하도록 했습니다.
재개발·재건축으로 인한 공사기간 역시 일정 요건 아래 일부를 거주기간으로 인정하는 내용이 포함되어 있습니다.
따라서 단순히 주민등록상 거주기간만 보고 장기거주소득공제를 판단해서는 안 될 사례도 생길 수 있습니다.
정리하면,
2026년 세제개편안에서 1세대 1주택 장기보유특별공제 개편의 핵심은 ‘최대 80%가 없어지는 것’이 아닙니다.
80%를 받을 수 있는 조건이 달라지는 것입니다.
2027년까지는 보유와 거주가 각각 연 4%씩 반영되지만, 2028년에는 거주 연 6%·보유 연 2%로 바뀌고, 2029년부터는 거주기간에 대해 연 8%를 적용하는 구조로 전환됩니다.
따라서 장기간 보유했지만 실제 거주기간이 짧은 1주택자는 개정의 영향을 크게 받을 수 있습니다.
반대로 충분히 장기간 거주한 실거주 1주택자는 최대 80%의 공제율 자체는 유지됩니다.
다만 양도차익이 큰 고가주택은 별개의 문제입니다.
2028년에는 20억원, 2029년 이후에는 10억원의 공제한도가 신설되기 때문에 장기 실거주자라도 고가주택이라면 세부담이 상당히 증가할 가능성이 있습니다.
결국 앞으로 1세대 1주택의 양도소득세를 검토할 때는
보유기간 → 거주기간 → 양도시기 → 양도차익 → 공제한도
순서로 확인하는 것이 중요합니다.
특히 2027~2029년 사이에 고가주택 양도를 계획하고 있다면 양도시점에 따라 세액 차이가 크게 발생할 수 있으므로 계약 전에 예상 양도소득세를 비교해 보는 것이 필요합니다.
종부세도 실거주 중심으로 바뀝니다
이번 세제개편에서 실거주를 중시하는 방향은 양도소득세에만 적용되는 것이 아닙니다. 종합부동산세 역시 장기보유 중심의 세액공제를 실제 거주기간 중심으로 전환하는 내용이 포함되어 있습니다. 「2026 종부세 개편, 1세대 1주택자는 얼마나 달라지나?」에서 공시가격별 실제 세부담 변화를 자세히 살펴봤습니다.
※ 본 글은 2026년 8월 3일 발표된 「2026년 세제개편안」 및 재정경제부 문답자료를 바탕으로 작성한 정보 제공 목적의 글입니다. 세제개편안은 국회 심의 과정에서 변경될 수 있으며, 개별 거래의 실제 세액은 취득시기·취득가액·거주기간·보유주택 수·필요경비 등 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.